Im Jahre 1877 übernahm Vincenz Czerny als Nachfolger von Gustav Simon den Lehrstuhl für Chirurgie in Heidelberg sowie die Leitung der Chirurgischen Klinik mit über 120 Betten. Unter seiner Leitung gewann die Chirurgische Universitätsklinik Heidelberg an großer Bedeutung. Vincenz Czerny galt als eine der markantesten und fortschrittlichsten Persönlichkeiten des 19. Jahrhunderts. Durch Studien in Prag und Wien erwarb er eine breite naturwissenschaftliche Ausbildung. Die klinische Ausbildung begann er zunächst als Internist und wurde danach probeweise an die Billroth´sche Klinik nach Wien gesandt. Über Tierversuche zur Speiseröhren- und Kehlkopfchirurgie gelang ihm schließlich unter Billroths optimaler Förderung der endgültige Sprung in die Chirurgie. 1871 konnte sich Czerny in Wien für das Fach Chirurgie habilitieren. Im gleichen Jahr wurde er als chirurgischer Ordinarius nach Freiburg berufen. In seine Amtszeit fällt die Entwicklung erster Vollnarkoseformen und der Asepsis (Keimfreiheit von Wunden, Instrumenten, Verbandstoffen u. Ähnlichem). Sein intensives experimentelles Programm diente im Wesentlichen der wissenschaftlichen Entwicklung einer praktischen Chirurgie. Er beschrieb zahlreiche Standardoperationen an Speiseröhre, dem Magen- und dem Urogenitaltrakt sowie in der operativen Frauenheilkunde. In der Entwicklung der chirurgischen Bedeutung Heidelbergs wurde Czerny unter anderem von seinem oberärztlichen Pionier Hans Völcker tatkräftig unterstützt, der zahlreiche Eingriffe selbst durchführte. Drei Rufe nach Prag, Würzburg und Wien hat Czerny abgelehntIm Jahre 1906 trat Czerny zurück, um sich dem Aufbau des ersten Instituts für Krebsforschung zu widmen. Czerny starb mit 74 Jahren an den Folgen einer strahleninduzierten Leukämie.

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