Karl Otto Weber wurde 1827 in Frankfurt geboren. Er studierte in Bonn und Paris und wandte sich neben der Medizin auch den Naturwissenschaften zu. 1853 konnte er sich im Fach Chirurgie habilitieren. Da der Bonner Lehrstuhl anderweitig vergeben wurde, widmete er sich vermehrt der Pathologischen Anatomie, wurde 1857 zunächst Extraordinarius und 1862 ordentlicher Professor der Pathologischen Anatomie. 1865 wurde er zum Nachfolger von Chelius auf den Lehrstuhl der Chirurgischen Universität Heidelberg berufen. Die Medizinische Fakultät hatte sich als gut beraten erwiesen, auf diesen wichtigen Lehrstuhl einen Mann zu berufen, der aus dem damals jüngsten und sehr zukunftsträchtigen Gebiet der Medizin der damaligen Zeit, der Pathologischen Anatomie, kam. Weber beherrschte neben den chemischen Analysen alle anatomischen, histologischen und histogenetischen Möglichkeiten. Sein Eintreten für bauliche Veränderungen war der Hauptanstoß zum Neubau des Klinikums in Heidelberg/Bergheim. Karl Otto Weber war nur fünf Semester akademischer Lehrtätigkeit und chirurgischen Wirkens vergönnt. Im Juni 1867 erfolgte in Heidelberg ein massiver Ausbruch von Diphtherie, von dem auch Weber befallen wurde. Am 11. Juni 1867 erlag er diesem und verstarb im Alter von 39 Jahren.

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